生物信息學(xué)實(shí)踐簡(jiǎn)介，目錄書(shū)摘

內容簡(jiǎn)介:

  本書(shū)介紹生物信息學(xué)平臺搭建和常用基礎軟件的安裝與運行，使讀者能夠配置自己的生物信息學(xué)分析環(huán)境；通過(guò)介紹計算機輔助藥物設計和基因組重復序列分析等內容使讀者熟悉生物信息學(xué)分析的一般策略。著(zhù)重講解生物信息學(xué)分析過(guò)程中常見(jiàn)問(wèn)題的解決方法，在確保操作步驟完整的基礎上盡量精簡(jiǎn)，力求幫助使讀者在最短的時(shí)間內掌握知識和能勝任該方面工作。

目錄:第一章生物信息學(xué)分析基礎工具與平臺配置
第一節文本編輯器
一、常用的文本編輯器
二、UltraEdit
三、Vi編輯器
第二節Linux系統基礎
一、軟件安裝
二、PATH路徑設置
三、必備Linux命令
四、Linux系統的輸出重定向與管道
五、中文版Linux改為英文版
六、開(kāi)啟FTP服務(wù)
第三節生物信息學(xué)實(shí)驗室局域網(wǎng)
一、生物信息學(xué)局域網(wǎng)實(shí)例
二、遠程登錄
第四節Windows系統下構建本地BLAST
一、BLAST的下載安裝
二、Blast的使用
三、實(shí)例講解
參考文獻
第二章生物信息數據庫的使用與構建
第一節NCBI數據庫資源
NCBI數據庫檢索
第二節數據存儲格式
一、FASTA格式
二、FASTQ格式
三、Genebank格式
四、EMBL格式
五、采用XML實(shí)現生物數據庫的整合
第三節著(zhù)名的生物信息學(xué)數據庫
第四節生物信息學(xué)數據庫的構建方法
一、Apache的安裝與啟動(dòng)
二、MySQL的安裝與配置
三、PHP的安裝與配置
四、不能安裝的情況
五、利用Windows Server搭建數據庫服務(wù)器
參考文獻
第三章基于蛋白質(zhì)結構的計算機輔助藥物設計
第一節蛋白質(zhì)二級結構
一、α螺旋
二、β片層
三、β轉角
四、蛋白質(zhì)二級結構預測
第二節蛋白質(zhì)結構數據庫及其檢索
一、PDB數據庫檢索
二、蛋白質(zhì)結構數據的存儲格式
三、蛋白質(zhì)結構可視化
第三節蛋白質(zhì)結構的預測
一、國際蛋白質(zhì)結構預測技術(shù)評估大賽(CASP)
二、利用SWISSMODEL預測蛋白質(zhì)的三級結構
第四節分子對接工具Autodock
一、Autodock程序的安裝
二、小分子的來(lái)源和處理
三、大分子的處理
四、兩個(gè)參數文件（gpf和dpf）的設置
五、結果的處理
第五節分子模擬原理與工具
一、分子模擬的主要方法
二、分子模擬常見(jiàn)工具
第六節分子動(dòng)力學(xué)模擬工具Amber
一、生成小分子模板
二、處理蛋白質(zhì)文件
三、生成拓撲文件和坐標文件
四、能量?jì)?yōu)化
五、LEAP使用
六、MD過(guò)程
七、VMD的使用
八、觀(guān)看并保存圖像的步驟
九、RMS計算
十、結果數據處理
參考文獻
第四章轉座子的生物信息學(xué)分析
第一節轉座子的分類(lèi)
一、分類(lèi)級別
二、自主與非自主轉座子
三、轉座子的命名
四、轉座子的生物信息學(xué)分析
五、重復序列挖掘工具
第二節RepeatMasker和RepeatModeler
一、RepeatMasker的安裝
二、RepeatModeler的安裝
三、RepeatMasker的操作
四、RepeatMasker搜索的過(guò)程
五、兩個(gè)Perl程序
六、聯(lián)合多個(gè)重復序列數據庫
七、RepeatMasker的其他參數
八、Out結果文件
九、RepeatModeler的使用
第三節LTRharvest
第四節序列去冗余
第五節Circos繪圖
一、Circos的安裝
二、Circos的顏色
三、圖像分析
四、核型文件
五、ideogram標簽
六、連接
七、圖像輸出
八、直方圖
九、Highlights圖
十、容易出現的問(wèn)題
參考文獻
第五章生物信息學(xué)資源
第一節網(wǎng)絡(luò )資源
一、在線(xiàn)工具鏈接Expasy
二、常用生物軟件分類(lèi)與下載
三、生物信息學(xué)中文論壇
第二節期刊與機構
一、生物信息學(xué)期刊
二、生物信息學(xué)機構
第三節在線(xiàn)小工具
一、開(kāi)放閱讀框查找工具ORF Finder
二、繪制GO注釋結果
三、蛋白質(zhì)組成和穩定性分析ProtParam
四、啟動(dòng)子區預測工具Promoter
五、序列logo
六、蛋白質(zhì)序列綜合分析工具PredictProte
七、信號肽
八、比較分析圖繪制工具VENNY
第四節生物信息學(xué)分析軟件
一、EMBOSS
二、EMBOSS運行示例
三、綜合序列分析軟件DNAstar
四、分子生物學(xué)常用工具簡(jiǎn)介
參考文獻
第六章分子進(jìn)化
第一節分子進(jìn)化基礎
一、構建進(jìn)化樹(shù)的算法
二、進(jìn)化樹(shù)格式
三、進(jìn)化樹(shù)的圖形顯示
四、進(jìn)化軟件
第二節通過(guò)phylip構建進(jìn)化樹(shù)
一、準備
二、通過(guò)Clustal將Fasta格式的序列進(jìn)行比對并保存為phy格式
三、使用seqboot設置重復數量
四、通過(guò)似然法計算進(jìn)化樹(shù)
五、構建一致樹(shù)
六、圖片制作
參考文獻
第七章生物信息學(xué)編程基礎
第一節Perl語(yǔ)言
一、CPAN
二、正則表達式
三、Bioperl的安裝
第二節統計語(yǔ)言
一、R語(yǔ)言
二、其他統計分析工具
參考文獻
附錄一生物信息學(xué)常用詞匯表一
附錄二生物信息學(xué)常用詞匯表二