差異表達基因檢測統計方法研究簡(jiǎn)介，目錄書(shū)摘
2019-11-08 17:10
來(lái)源：京東
作者：京東
差異表達基因檢測統計方法研究
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內容簡(jiǎn)介:
基因芯片差異基因表達檢測技術(shù)的核心方法通?；诮y計學(xué)原理，即利用統計學(xué)中的假設檢驗從基因表達譜中篩選出潛在的特異性基因。本書(shū)主要針對癌癥樣本組子集的差異基因表達檢測進(jìn)行研究，討論比較常用的差異表達基因檢測統計方法，提出新的差異表達基因檢測統計方法，進(jìn)行對比研究。
作者簡(jiǎn)介:
紀兆華，男,教授，計算機科學(xué)與技術(shù)專(zhuān)業(yè)博士，信息與通信工程學(xué)科博士后，中國科學(xué)院北京基因組研究所“訪(fǎng)問(wèn)學(xué)者”，環(huán)境科學(xué)與工程學(xué)科博士后。內蒙古自治區“草原英才”、內蒙古自治區教學(xué)名師、內蒙古自治區新世紀321人才第二層次人選，2014年經(jīng)遴選參加浦東干部學(xué)院舉辦的“青年科技領(lǐng)軍人才創(chuàng )新能力培訓班”。主要研究方向為生物信息學(xué)、數據挖掘、云計算和大數據處理及生物技術(shù)領(lǐng)域工作。先后主持教育部社會(huì )科學(xué)研究課題、內蒙古自治區自然科學(xué)基金以及國家發(fā)改委專(zhuān)項、內蒙古自治區重大科技專(zhuān)項和內蒙古自治區戰略性新興產(chǎn)業(yè)項目等。
目錄:第一章 緒論
1.1 生物芯片概述
1.2 基因芯片簡(jiǎn)介
1.2.1 基因芯片的原理
1.2.2 基因芯片的分類(lèi)
1.2.3 基因芯片的應用
1.3 基因芯片數據差異表達基因檢測統計方法
1.3.1 差異表達基因檢測概述
1.3.2 傳統差異表達基因檢測方法
1.3.3 其他相關(guān)的差異表達基因檢測方法
1.4 變點(diǎn)問(wèn)題的研究
1.5 變點(diǎn)理論應用于差異表達基因檢測
1.6 微陣列基因芯片數據的網(wǎng)絡(luò )資源介紹
1.7 本書(shū)的研究?jì)热?
第2章 差異表達基因檢測樣本子集過(guò)表達的統計方法
2.1 生物學(xué)背景
2.2 差異表達基因檢測統計方法介紹
2.2.1 基于均值的差異表達基因檢測方法
2.2.2 基于中值的差異表達基因檢測方法
2.2.3 基于樣本表達值特定百分比的差異表達基因檢測方法
2.3 實(shí)驗與分析
2.3.1 ROC曲線(xiàn)比較
2.3.2 FDR曲線(xiàn)比較
2.3.3 算法分析
2.4 討論
第3章 TriORT差異表達基因檢測統計方法
3.1 引言
3.2 TriOTR方法
3.3 實(shí)驗與分析
3.3.1 仿真研究
3.3.2 真實(shí)數據研究
3.4 小結
第4章 TriMOST差異表達基因檢測統計方法
4.1 引言
4.2 TriMOST方法
4.3 實(shí)驗與分析
4.3.1 仿真研究
4.3.2 真實(shí)數據研究
4.4 小結
第5章 差異表達基因檢測統計方法在乳腺癌數據上的應用
5.1 引言
5.2 差異表達基因檢測方法
5.2.1 已有方法介紹
5.2.2 TriORT方法和TriMOST方法
5.3 實(shí)驗與分析
5.3.1 ROC曲線(xiàn)仿真實(shí)驗
5.3.2 FDR曲線(xiàn)仿真實(shí)驗
5.3.3 真實(shí)數據集實(shí)驗
5.3.4 各方法找到的和乳腺癌相關(guān)的基因分析
5.4 小結
第6章 變點(diǎn)理論統計分析
6.1 引言
6.2 基于變點(diǎn)理論的統計方法
6.2.1 變點(diǎn)
6.2.2 檢測變點(diǎn)的常用方法
6.3 變點(diǎn)理論的應用
6.3.1 變點(diǎn)的統計推斷問(wèn)題研究
6.3.2 采用貝葉斯法檢測多個(gè)變點(diǎn)的基因表達譜數據
6.3.3 癌癥差異表達基因檢測
6.4 變點(diǎn)統計分析方法在差異表達基因檢測中的應用
6.5 小結
第7章 基于樣本子集的差異表達基因檢測方法比較
7.1 引言
7.2 差異表達基因檢測方法
7.2.1 T統計方法
7.2.2 相對正常組樣本的半T統計方法
7.2.3 相對癌癥組樣本的半T統計方法
7.2.4 增加參數的半T統計方法
7.3 實(shí)驗和結果分析
7.3.1 基因表達強度相同時(shí)，差異表達基因數目變化
7.3.2 差異表達基因數目相同時(shí)，增加的基因表達強度變化
7.3.3 基因表達強度相同，差異表達基因數目相同，基因數目不同
7.3.4 基因表達強度相同，差異表達基因數目相同，基因數目相同時(shí)，樣本數目不同
7.4 小結
第8章 基于變點(diǎn)理論的差異表達基因檢測
8.1 引言
8.2 差異表達基因檢測的生物信息學(xué)基礎
8.3 差異表達基因檢測方法
8.3.1 T檢驗方法
8.3.2 PPST置換百分比分離測試方法
8.3.3 LRS基于似然率方法
8.3.4 基于最小二乘法的變點(diǎn)差異表達基因檢測
8.4 差異表達基因檢測方法性能評價(jià)
8.5 乳腺癌公共數據庫數據研究分析
8.6 小結
第9章 總結與展望
9.1 總結
9.2 展望
參考文獻
1.1 生物芯片概述
1.2 基因芯片簡(jiǎn)介
1.2.1 基因芯片的原理
1.2.2 基因芯片的分類(lèi)
1.2.3 基因芯片的應用
1.3 基因芯片數據差異表達基因檢測統計方法
1.3.1 差異表達基因檢測概述
1.3.2 傳統差異表達基因檢測方法
1.3.3 其他相關(guān)的差異表達基因檢測方法
1.4 變點(diǎn)問(wèn)題的研究
1.5 變點(diǎn)理論應用于差異表達基因檢測
1.6 微陣列基因芯片數據的網(wǎng)絡(luò )資源介紹
1.7 本書(shū)的研究?jì)热?
第2章 差異表達基因檢測樣本子集過(guò)表達的統計方法
2.1 生物學(xué)背景
2.2 差異表達基因檢測統計方法介紹
2.2.1 基于均值的差異表達基因檢測方法
2.2.2 基于中值的差異表達基因檢測方法
2.2.3 基于樣本表達值特定百分比的差異表達基因檢測方法
2.3 實(shí)驗與分析
2.3.1 ROC曲線(xiàn)比較
2.3.2 FDR曲線(xiàn)比較
2.3.3 算法分析
2.4 討論
第3章 TriORT差異表達基因檢測統計方法
3.1 引言
3.2 TriOTR方法
3.3 實(shí)驗與分析
3.3.1 仿真研究
3.3.2 真實(shí)數據研究
3.4 小結
第4章 TriMOST差異表達基因檢測統計方法
4.1 引言
4.2 TriMOST方法
4.3 實(shí)驗與分析
4.3.1 仿真研究
4.3.2 真實(shí)數據研究
4.4 小結
第5章 差異表達基因檢測統計方法在乳腺癌數據上的應用
5.1 引言
5.2 差異表達基因檢測方法
5.2.1 已有方法介紹
5.2.2 TriORT方法和TriMOST方法
5.3 實(shí)驗與分析
5.3.1 ROC曲線(xiàn)仿真實(shí)驗
5.3.2 FDR曲線(xiàn)仿真實(shí)驗
5.3.3 真實(shí)數據集實(shí)驗
5.3.4 各方法找到的和乳腺癌相關(guān)的基因分析
5.4 小結
第6章 變點(diǎn)理論統計分析
6.1 引言
6.2 基于變點(diǎn)理論的統計方法
6.2.1 變點(diǎn)
6.2.2 檢測變點(diǎn)的常用方法
6.3 變點(diǎn)理論的應用
6.3.1 變點(diǎn)的統計推斷問(wèn)題研究
6.3.2 采用貝葉斯法檢測多個(gè)變點(diǎn)的基因表達譜數據
6.3.3 癌癥差異表達基因檢測
6.4 變點(diǎn)統計分析方法在差異表達基因檢測中的應用
6.5 小結
第7章 基于樣本子集的差異表達基因檢測方法比較
7.1 引言
7.2 差異表達基因檢測方法
7.2.1 T統計方法
7.2.2 相對正常組樣本的半T統計方法
7.2.3 相對癌癥組樣本的半T統計方法
7.2.4 增加參數的半T統計方法
7.3 實(shí)驗和結果分析
7.3.1 基因表達強度相同時(shí)，差異表達基因數目變化
7.3.2 差異表達基因數目相同時(shí)，增加的基因表達強度變化
7.3.3 基因表達強度相同，差異表達基因數目相同，基因數目不同
7.3.4 基因表達強度相同，差異表達基因數目相同，基因數目相同時(shí)，樣本數目不同
7.4 小結
第8章 基于變點(diǎn)理論的差異表達基因檢測
8.1 引言
8.2 差異表達基因檢測的生物信息學(xué)基礎
8.3 差異表達基因檢測方法
8.3.1 T檢驗方法
8.3.2 PPST置換百分比分離測試方法
8.3.3 LRS基于似然率方法
8.3.4 基于最小二乘法的變點(diǎn)差異表達基因檢測
8.4 差異表達基因檢測方法性能評價(jià)
8.5 乳腺癌公共數據庫數據研究分析
8.6 小結
第9章 總結與展望
9.1 總結
9.2 展望
參考文獻
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